Về tên gọi Hoa Lư, các nhà nghiên cứu hán nôm khẳng định rằng: Hoa Lư là một danh từ riêng chỉ một vùng đất chứ không phải tên người, tên vật hay thần linh. Hiện vẫn tồn tại rất nhiều cách hiểu khác nhau về danh xưng này:[6]

Chữ hoa viết là hoa (花) nghĩa ở đây hiểu là bông hoa, còn nếu viết hoa (華) nghĩa hiểu là phồn hoa, rực rỡ. Tuy vậy có lúc hai chữ hoa này dùng ngang nhau. Chữ (蘆) "lư" còn đọc là "lô" hay "lau" là: bông lau. "Hoa lư" (花蘆) với nghĩa là hoa lau, theo lô gích ngữ pháp tiếng Hán phải viết là Lư Hoa (蘆花) như cách viết hồng hoa (紅花) mai hoa (梅花) thì khi dịch sang tiếng Việt mới là hoa lau, hoa hồng, hoa mai được. Cho nên với cách viết Hoa Lư (花蘆) thì dịch ra tiếng Việt sẽ là Lư Hoa chứ không phải là Hoa Lư. Điều này theo Giáo sư Trần Quốc Vượng giải thích đây là quá trình Việt hoá Hán ngữ buổi đầu. Có thể đây là viết theo văn phạm tiếng Việt. Cảnh quan Hoa Lư là một vùng toàn núi đá vôi, có rất nhiều lau lách mà gọi tên là Hoa Lư. Qua các tư liệu thư tịch, dã sử, văn bia ghi chép lại: Trong tập Hoa động đồ trung thập vịnh (mười bài vịnh trong bức vẽ động hoa) của Phạm Văn Nghị thế kỉ XIX ở bài Đinh miếu vịnh có ghi:五基兵陣蘆旗出"Ngũ cơ binh trận lư kì xuất" (Năm đội binh mã cờ lau xuất hiện). Trong bia dựng năm Chính Hòa 17 (1696) "Tiền triều tăng tu điện miếu công đức bi ký"[7] ghi: 恬應黃龍蘆旗嚴令"Điềm ứng Hoàng Long, lư kì nghiêm lệnh" (Điềm ứng rồng vàng, cờ lau nghiêm lệnh).

Theo cách viết Hoa Lư (華閭) thì chữ Lư (閭) mang nghĩa là cổng làng, được viết bằng chữ (門) bên ngoài chữ lữ (呂) bên trong. Vì thế cho nên chữ Lư ở đây có người hiểu là cổng làng.

Theo cách viết (華鑪) người ta hiểu Hoa Lư là cái lò hoa vì thấy viết ở một số hoành phi, câu đối, ngay cả bức đại tự ở động Hoa Lư cũng viết Hoa Lư động (華鑪洞) vậy là xuất hiện cách viết chữ Lư (鑪) có bộ kim bên cạnh. Cho nên có ý kiến cho rằng Hoa Lư với nghĩa cái lò hoa.

Hoa Lư còn hiểu theo các nghĩa là: đồ nấu cơm có hoa, là đồ đựng lúa (華蘆) hay Hoa Lư là miệng con lừa hoa được viết (華驢) v.v..Tùy theo chữ viết và cách lý giải khác nhau nghĩa nào cũng có cái hay cái thâm thúy của bậc tiền nhân, song Hoa Lư cho đến nay thường được hiểu là Hoa Lau.